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宏基因組測(cè)序:宏基因組測(cè)序是對(duì)人體樣本或特定環(huán)境樣品中的總核酸(DNA或RNA)進(jìn)行高通量測(cè)序,通過比對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù),得到傳染病原體的信息,能夠檢測(cè)出新發(fā)和罕見病原體,特別是在未知病原檢測(cè)中發(fā)揮了難以替代的作用,成都微生物多樣性測(cè)序分析排行,當(dāng)然宏基因組檢測(cè)方法也面臨不少挑戰(zhàn),成都微生物多樣性測(cè)序分析排行,檢測(cè)結(jié)果的靈敏度受宿主及其他微生物背景核酸的影響。高通量測(cè)序技術(shù)能夠提供準(zhǔn)確而科學(xué)的基因測(cè)序分析結(jié)果,成都微生物多樣性測(cè)序分析排行,為**防控提供有力技術(shù)保障??茖W(xué)家通過對(duì)病毒進(jìn)行全基因組測(cè)序,可以了解不同傳播階段的變異情況,推測(cè)病毒對(duì)人的傳染力的變化及傳播情況。用二代測(cè)序?qū)颖具M(jìn)行宏病毒組測(cè)序有哪些挑戰(zhàn)?成都微生物多樣性測(cè)序分析排行
目前,構(gòu)建的病毒宏基因組學(xué)文庫(kù)主要有載體克隆文庫(kù)和基于高通量測(cè)序技術(shù)的加接頭的文庫(kù)。隨著深度測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展,第二代高通量測(cè)序技術(shù)、第三代單分子測(cè)序技術(shù)已經(jīng)普遍地應(yīng)用于各項(xiàng)研究領(lǐng)域中,以454測(cè)序技術(shù)和Illumina測(cè)序技術(shù)為表示的二代測(cè)序法得到迅速推廣用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫(kù),相信將來(lái)第三代測(cè)序平臺(tái)如tSMSTM(truesinglemolecularsequeneing)技術(shù)平臺(tái)、SMRT(singlemoleculereal-time)技術(shù)平臺(tái)、FRET測(cè)序技術(shù)及納米孔單分子技術(shù)為表示的第三代測(cè)序法也將應(yīng)用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫(kù)。Donaldson等[23]采用高通量測(cè)序技術(shù)構(gòu)建了蝙蝠腸道的病毒宏基因組學(xué)文庫(kù),獲得了600000條讀長(zhǎng)(Reads)的核酸序列。成都微生物多樣性測(cè)序分析排行病毒宏基因組測(cè)序?yàn)榱吮WC后續(xù)數(shù)據(jù)的有效利用率,需要客戶配合完成合格的取樣步驟和樣本前處理步驟。
上海探普生物科技有限公司對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序以后的數(shù)據(jù)分析是如何進(jìn)行的?寄生性質(zhì)的生物下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn),優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫(kù),搭載了**的生物信息學(xué)分析流程,可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。生物信息學(xué)流程主要包括,1,基于數(shù)據(jù)庫(kù),去除宿主數(shù)據(jù)和其他微生物數(shù)據(jù),篩選出目的序列,然后進(jìn)行序列組裝,物種分類,豐度統(tǒng)計(jì)。樣本數(shù)量達(dá)到一定標(biāo)準(zhǔn)還可以進(jìn)行差異分析?,F(xiàn)有數(shù)據(jù)庫(kù)不夠完善,出于對(duì)數(shù)據(jù)真實(shí)性的尊重,探普生物一般不進(jìn)行功能相關(guān)的分析。預(yù)測(cè)性質(zhì)的分析可以根據(jù)具體項(xiàng)目評(píng)估數(shù)據(jù)庫(kù)質(zhì)量后進(jìn)行。
病毒宏基因組學(xué)的研究過程主要包括以下3個(gè)步驟:樣品的處理、病毒宏基因組學(xué)文庫(kù)構(gòu)建和數(shù)據(jù)分析與處理。樣品的制備較關(guān)鍵的是樣品的處理、遺傳物質(zhì)的分離和富集。樣品的制備關(guān)鍵應(yīng)做到提取能夠表示該環(huán)境的高純度樣本,并除去非病毒核酸細(xì)胞和遺傳物質(zhì)的干擾。富集微生物及去除非目的性的細(xì)胞和遺傳物質(zhì)是分離高質(zhì)量的遺傳物質(zhì)的前提,提取高純度的表示特定環(huán)境中的遺傳物質(zhì)是宏基因組學(xué)研究過程中的難題。正切流過濾系統(tǒng)、差異過濾、梯度離心、空心纖維過濾、DNA酶和RNA酶處理、序列非依賴的單引物擴(kuò)增(Sequence-independentsingleprimeramplification,SISPA)等技術(shù)可用于樣品的制備,而SYBR金染色法可用于實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)處理樣品中病毒顆粒的數(shù)量。探普生物的研發(fā)團(tuán)隊(duì)和實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)都來(lái)自全國(guó)各地病毒學(xué)、微生物學(xué)專業(yè)的高校。
探普生物對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序?qū)嶒?yàn)基于二代測(cè)序技術(shù)。經(jīng)過核酸純化-文庫(kù)構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后,樣本轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。先,在核酸純化環(huán)節(jié),探普提供專門針對(duì)病毒的核酸純化樣本指南,以提高純度和得率,與此同時(shí)探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二,文庫(kù)構(gòu)建環(huán)節(jié)。樣本的核酸具備濃度低,總量少的特點(diǎn)。探普生物專門針對(duì)這一點(diǎn)開發(fā)了超微量核酸文庫(kù)構(gòu)建,可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測(cè)序文庫(kù)。第三,生物信息學(xué)分析環(huán)節(jié)。寄生性質(zhì)的生物下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn),優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫(kù),搭載了**的生物信息學(xué)分析流程,可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。宏基因組測(cè)序是對(duì)人體樣本或特定環(huán)境樣品中的總核酸(DNA或RNA)進(jìn)行高通量測(cè)序。廣州腸道微生物分析
病毒宏基因組測(cè)序:技術(shù)是隨著高通量測(cè)序技術(shù)的興起而發(fā)展起來(lái)的。成都微生物多樣性測(cè)序分析排行
病原微生物二代測(cè)序,也稱宏基因組測(cè)序(mNGS)是目前臨床上針對(duì)病原較常用的基因測(cè)序方法。通過對(duì)疑似傳染標(biāo)本采集提取后(無(wú)需培養(yǎng))直接進(jìn)行高通量測(cè)序,利用病原微生物數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)和分析后可以獲得疑似致病微生物種屬信息?;贜GS的宏基因組學(xué)檢測(cè)技術(shù)在2014年被用于臨床傳染患者的病原學(xué)診斷。目前,多個(gè)省市已經(jīng)將病原微生物二代測(cè)序納入醫(yī)保報(bào)銷,助力檢測(cè)!目前,國(guó)家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心數(shù)據(jù)資源總量已超過300TB,數(shù)據(jù)記錄數(shù)超過了40億條??捎糜谂R床的微生物數(shù)據(jù)庫(kù)包括了超過18000條信息。成都微生物多樣性測(cè)序分析排行
上海探普生物科技有限公司位于放鶴路1088號(hào)6號(hào)樓307。公司自成立以來(lái),以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個(gè)細(xì)節(jié),公司旗下病毒測(cè)序,病毒全基因組測(cè)序,病毒宏基因組測(cè)序,未知病原鑒定深受客戶的喜愛。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力,努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識(shí),遵守行業(yè)規(guī)范,植根于醫(yī)藥、保養(yǎng)行業(yè)的發(fā)展。上海探普生物憑借創(chuàng)新的產(chǎn)品、專業(yè)的服務(wù)、眾多的成功案例積累起來(lái)的聲譽(yù)和口碑,讓企業(yè)發(fā)展再上新高。
文章來(lái)源地址: http://www.cdcfah.com/cp/2631361.html
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