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利用病毒傳播過程中核酸序列上特定位置的變化來進(jìn)行分型,著重于區(qū)分不同型別病毒的來源,是我國調(diào)整防控策略的重要依據(jù)之一。傳統(tǒng)的病原微生物檢測手段包括形態(tài)學(xué)檢測、培養(yǎng)分離,病毒全序列測序突變分析方法、生化檢測和免疫學(xué)檢測。這些方法檢測周期長、靈敏度低,對操作人員的技術(shù)水平要求比較高等因素;熒光定量PCR技術(shù)和等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)等分子生物學(xué)的檢測方法部分解決了上述問題,簡單快速,通過對核酸特異性序列的檢測,可在短時(shí)間內(nèi)快速判斷病原體的種類,但是這些方法無法進(jìn)行混合傳染鑒定和病毒溯源,隨著基因組學(xué)技術(shù)的發(fā)展,病毒全序列測序突變分析方法,高通量測序技術(shù)已經(jīng)能夠做到不依賴于傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng),可直接對臨床樣本中的核酸進(jìn)行高通量測序,病毒全序列測序突變分析方法,然后與數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,實(shí)現(xiàn)傳染性疾病的溯源、檢測、分型和耐藥評估等多個(gè)方面,受到越來越多臨床和科研工作者的關(guān)注。在核酸純化環(huán)節(jié),探普提供專門針對性的核酸純化樣本指南,以提高目的物種的核酸純度和得率。病毒全序列測序突變分析方法
近年來,第二代測序技術(shù)(next gene -ration sequencing, NGS)發(fā)展迅猛,與 Sanger 測序技術(shù)相比, NGS 是一種能一次對幾十萬到幾百萬的DNA 分子進(jìn)行序列測定的高通量的測序技術(shù), 這種高通量測序使得對一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌地分析成為可能, 因此又被稱為深度測序(deep sequencing). 相比傳統(tǒng)的個(gè)體基因組測序, NGS 使得測序價(jià)格日益廉價(jià), 并且在生物信息學(xué)軟件的輔助下, 可以將大量不同基因片段的信息連接起來進(jìn)行基因組組裝, 完成生物的基因組測序,這種新的測序技術(shù)革新了植物病毒的診斷方法, 對于病毒的流行病學(xué)和生態(tài)學(xué)研究起到了非常重要的推動作用。病毒全序列測序突變分析方法病毒全基因組測序產(chǎn)品特點(diǎn):不預(yù)設(shè)目標(biāo)檢出物,樣本的所有病原信息一網(wǎng)打盡。
二代測序用于對病毒的全基因組進(jìn)行測序有哪些挑戰(zhàn)?二代測序相較sanger測序,差異主要就是單次運(yùn)行可以獲得海量的數(shù)據(jù)量,因此也稱為高通量測序。想要通過高通量測序獲得病毒全序列,需要經(jīng)歷:核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這三大基本流程。而高通量測序技術(shù)本身并不是以病毒為目標(biāo)開發(fā)的,因此每個(gè)環(huán)節(jié)都是挑戰(zhàn)。核酸純化步驟決定了Input核酸的起始濃度和總量,從而決定了文庫構(gòu)建的成敗、質(zhì)量和產(chǎn)量;文庫的好壞決定了數(shù)據(jù)的質(zhì)量和產(chǎn)出;而數(shù)據(jù)的質(zhì)量產(chǎn)出直接影響分析結(jié)果。樣品一般核酸濃度很低,且?guī)в写罅克拗魑廴?,因此?shí)驗(yàn)部分和分析部分都比較困難。探普生物基于這些困難點(diǎn),進(jìn)行了大量有針對性的研發(fā)和測試,開發(fā)了全套的實(shí)驗(yàn)和分析流程用于對病毒的全基因組進(jìn)行測序,該流程自運(yùn)行以來廣受研究者們好評。
深度測序技術(shù)對經(jīng)濟(jì)市場的影響:未來社會的創(chuàng)新驅(qū)動將由信息技術(shù)向心理社會健康方面轉(zhuǎn)移??梢灶A(yù)見,全球老年化社會到來后的經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場將是健康行業(yè),而以基因測序預(yù)測健康和臨床準(zhǔn)確分型的市場將會越來越大。深度測序相關(guān)的經(jīng)濟(jì)市場有兩個(gè)方面。一是測序儀器和技術(shù)相關(guān)的市場,二是測序應(yīng)用市場的競爭。一個(gè)顯見的例子是,近年來深度測序技術(shù)促進(jìn)了對肺病的進(jìn)一步認(rèn)識和分型,更多的位點(diǎn)突變?nèi)鏏LK、ERCC1、MET、PI3K、RRM1 等被陸續(xù)發(fā)現(xiàn),多基因檢測肺病致病驅(qū)動基因?qū)︶t(yī)生準(zhǔn)確選擇靶向藥物十分重要。以肺病中常見的EGFR 突變型為例,對于敏感性基因突變(19 Del+L858R),第1代靶向藥物(如易瑞沙等)可以進(jìn)行良好的調(diào)整和控制;但是對于耐藥性基因突變(T790M),則需要第三代靶向藥物(AZD9291)才有較好的臨床效果。不久的將來,病癥患者將獲得更具個(gè)性化的藥物,從而達(dá)到準(zhǔn)確醫(yī)療。病毒全基因組測序:解析編碼信息,并獲得相應(yīng)的變異信息。
高通量測序技術(shù)在的鑒定中發(fā)揮了重要作用,先通過該技術(shù)確認(rèn)了該病原為以前未知的 β 冠狀病毒,其次確認(rèn)了該病毒與蝙蝠相關(guān)冠狀病毒ZC45和ZXC21密切相關(guān),同源性約為88%,后高通量測序?yàn)楹罄m(xù)的診斷提供了強(qiáng)有力的技術(shù)支撐。高通量測序能否定向檢測細(xì)菌病毒等微生物?例如某人有皮膚病,提取組織,能否通過高通量測序來檢測后列出所有的致病菌?;蛘弋?dāng)懷疑的時(shí)候,在人體組織中檢測是否有某種特定的細(xì)菌或者病毒。(不求原理),就是想知道現(xiàn)在的測序技術(shù)能否替代傳統(tǒng)臨床檢驗(yàn)方法。相比傳統(tǒng)培養(yǎng)等方法,對樣本的全微生物檢測,或者特定微生物檢測,基因測序技術(shù)目前的時(shí)間消耗,準(zhǔn)確率,和金錢成本大概如何。可以定向檢測,用特異引物就可以。比較基因組學(xué)層面可通過差異分析、同源基因分析、共線性分析、物種進(jìn)化分析等手段探究病毒的毒力系統(tǒng)。病毒全序列測序突變分析方法
在探普生物進(jìn)行病毒基因組測序非常簡單。病毒全序列測序突變分析方法
為什么發(fā)現(xiàn)病例的要盡快對病毒進(jìn)行全基因組測序呢?通過對病毒全基因組高通量測序可以在較短時(shí)間內(nèi)獲取病毒的全部基因信息,解釋病毒的來源、傳播、變異演化等科學(xué)問題,為后續(xù)流行病學(xué)調(diào)查指明方向,為相關(guān)病例的追蹤溯源提供重要依據(jù),目前對溯源分型主要檢測手段就是高通量測序技術(shù)。高通量測序技術(shù)如何進(jìn)行病毒溯源?先對獲得的早期病例標(biāo)本開展全基因組高通量序列測定,通過與本地流行病毒及全球其他地區(qū)測定過序列的病毒比較,如果該病例傳染的病毒在基因組上和北美流行株更接近,比如在全長接近3萬個(gè)堿基的序列上,兩者*相差幾個(gè)堿基,相似度為99%以上,這就是為我們推斷該病例攜帶病毒為北美流行株提供依據(jù)。病毒全序列測序突變分析方法
上海探普生物科技有限公司位于放鶴路1088號6號樓307,是一家專業(yè)的 從事生物科技專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)技術(shù)開發(fā)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、煙花爆竹、民用物品、易制毒化學(xué)品),實(shí)驗(yàn)室設(shè)備,計(jì)算機(jī)、軟件及輔助設(shè)備,電子產(chǎn)品銷售,計(jì)算機(jī)軟件開發(fā)及維護(hù),計(jì)算機(jī)信息系統(tǒng)集成服務(wù)等。公司。在上海探普生物近多年發(fā)展歷史,公司旗下現(xiàn)有品牌探普等。我公司擁有強(qiáng)大的技術(shù)實(shí)力,多年來一直專注于 從事生物科技專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)技術(shù)開發(fā)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、煙花爆竹、民用物品、易制毒化學(xué)品),實(shí)驗(yàn)室設(shè)備,計(jì)算機(jī)、軟件及輔助設(shè)備,電子產(chǎn)品銷售,計(jì)算機(jī)軟件開發(fā)及維護(hù),計(jì)算機(jī)信息系統(tǒng)集成服務(wù)等。的發(fā)展和創(chuàng)新,打造高指標(biāo)產(chǎn)品和服務(wù)。自公司成立以來,一直秉承“以質(zhì)量求生存,以信譽(yù)求發(fā)展”的經(jīng)營理念,始終堅(jiān)持以客戶的需求和滿意為重點(diǎn),為客戶提供良好的病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定,從而使公司不斷發(fā)展壯大。
文章來源地址: http://www.cdcfah.com/cp/2806342.html
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