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近年來,新發(fā)人畜共患病呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢,人類想要征服新發(fā)人畜共患病,就必須提前發(fā)掘潛在的新的致病的病原,并針對新病原進行基因組分析、流行病學(xué)調(diào)查、致病機制及疫苗開發(fā)等方面的研究,水體微生物分析技術(shù),水體微生物分析技術(shù)。病毒宏基因組學(xué)是在宏基因組學(xué)基礎(chǔ)上發(fā)展起來研究特定環(huán)境中病毒的新興技術(shù),該技術(shù)結(jié)合深度測序技術(shù)(第二代、第三代測序技術(shù))已經(jīng)在人類,水體微生物分析技術(shù)、動物、特定環(huán)境中挖掘出大量的新病毒,該技術(shù)不依賴于病毒培養(yǎng)及病毒序列,在國內(nèi)外被普遍應(yīng)用于新發(fā)人畜共患病病原的挖掘與臨床診斷。就病毒宏基因組學(xué)在動物病毒研究中的應(yīng)用及研究進展進行了介紹?;贜GS的宏基因組學(xué)檢測技術(shù)在2014年被用于臨床傳染患者的病原學(xué)診斷。水體微生物分析技術(shù)
病毒宏基因組測序又稱宏病毒組(Virome),是在宏基因組學(xué)理論的基礎(chǔ)上,結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測技術(shù)而興起的一個新的學(xué)科分支。而所謂宏基因組學(xué)(metagenomics)就是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對象,以功能基因篩選和測序分析為研究手段,以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法。一般包括從環(huán)境樣品中提取基因組DNA,克隆DNA到合適的載體,導(dǎo)入宿主菌體,篩選目的轉(zhuǎn)化子等工作。水體微生物分析技術(shù)宏基因組測序技術(shù)不依賴于微生物的分離培養(yǎng),克服了傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法的技術(shù)限制。
宏基因組(也稱微生物環(huán)境基因組或元基因組)是1998年提出的新名詞,其定義為“thegenomesofthetotalmicrobiotafoundinnature”,即生境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和。它包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因,目前主要指環(huán)境樣品中的細菌和的基因組總和。而所謂宏基因組學(xué)(或元基因組學(xué),metagenomics)就是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對象,以功能基因篩選和/或測序分析為研究手段,以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法。一般包括從環(huán)境樣品中提取基因組DNA,進行高通量測序分析,或克隆DNA到合適的載體,導(dǎo)入宿主菌體,篩選目的轉(zhuǎn)化子等工作。
病毒宏基因組測序研究案例:噬菌體是糞便病毒組的主要成員,糞便病毒組移植(FVT)或能有效的調(diào)節(jié)腸道菌群。在該項概念驗證試驗中發(fā)現(xiàn),接受瘦小鼠的糞便病毒組移植后,飼喂高脂食物的小鼠體重增長變慢,同時還能保持正常的血糖指標(biāo),F(xiàn)VT引起的腸道菌群變化介導(dǎo)了這些保護性功能代謝作用。這項研究表明,F(xiàn)VT療法或能用來改善肥胖和糖尿病等腸道菌群相關(guān)代謝類疾病。對噬菌體不造成損傷,大程度保證了病毒活性,適用于下游FVT研究。宏病毒組學(xué)(ViralMetagenomics)是宏基因組學(xué)的一個分支,但與傳統(tǒng)的宏基因組學(xué)概念不同,它是在宏基因組學(xué)概念的基礎(chǔ)上,結(jié)合病毒自身的特點,將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用到病毒學(xué)領(lǐng)域而形成的。病毒宏基因組測序,無論是來自腸道還是水體或者土壤,樣本都會伴隨基因組數(shù)倍于病毒的細菌和宿主細胞。
病原體-宏基因組測序:1.開發(fā)了一種經(jīng)過驗證的臨床mNGS檢測方法,用于在許可的微生物實驗室中診斷腦脊髓液(CSF)引起的腦膜炎和腦炎的傳染原因。2.開發(fā)了定制的生物信息學(xué)管道SURPI+,以快速分析mNGS數(shù)據(jù),生成檢測到的病原體的自動摘要,并提供用于評估和解釋結(jié)果的圖形用戶界面。3.mNGS提供了一種全方面的方法,通過該方法可以在一次測定中準(zhǔn)確鑒定幾乎所有潛在病原體-病毒,細菌,寄生蟲。4.將mNGS測試遷移到臨床微生物學(xué)實驗室仍然面臨許多挑戰(zhàn):1、缺乏用于mNGS臨床驗證的既定藍圖;2、難以將病原體從殖民者或污染物中區(qū)分開;3、缺乏專為臨床診斷使用的生物信息學(xué)軟件;4、注重質(zhì)量和全方面性的可獲得的參考數(shù)據(jù)庫;5、臨床實驗室改進修正案(CLIA)環(huán)境中,患者診斷測試固有的法規(guī)遵從性要求。目前,構(gòu)建的病毒宏基因組學(xué)文庫主要有載體克隆文庫和基于高通量測序技術(shù)的加接頭的文庫。水體微生物分析技術(shù)
病原微生物二代測序,也稱宏基因組測序(mNGS)是目前臨床上針對病原較常用的基因測序方法。水體微生物分析技術(shù)
**狀病毒的發(fā)現(xiàn),病原宏基因組測序功不可沒:對一種新病毒進行鑒定和檢測,其中非常關(guān)鍵的步驟就是獲得病毒的全基因組信息。在此次**監(jiān)測和防控中,病原宏基因組測序發(fā)揮了至關(guān)重要的作用,利用其技術(shù)優(yōu)勢,研究人員在五天內(nèi)就鑒定并分析出的基因組,而2003年SARS的鑒定耗時5月余、2013年H7N9的鑒定耗時1月余。2019-nCoV為線性單鏈RNA(ssRNA)病毒,基因組全長包含29903個核苷酸,10個基因。病毒基因組序列為進一步分析其傳染機理,傳播途徑,藥物靶點等提供了有利的支持。水體微生物分析技術(shù)
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文章來源地址: http://www.cdcfah.com/cp/2833911.html
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