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哪些應(yīng)用場景需要對病毒的全基因組進(jìn)行測序?在探普生物長時間運(yùn)行過程中,我們接觸到的對病毒的全基因組進(jìn)行測序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場景。先,從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關(guān)鍵基因,搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時省力省經(jīng)費(fèi),同時能達(dá)到研究目的。此外,有的單位需要對傳染病的病原進(jìn)行流行病學(xué)監(jiān)測和研究,如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組,DNA二代測序進(jìn)化分析上哪找,可能需要對病毒的全基因組進(jìn)行測序以后,結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù),DNA二代測序進(jìn)化分析上哪找,達(dá)到研究或者監(jiān)測疫病的目的,DNA二代測序進(jìn)化分析上哪找。病毒基因組測序包括完成圖測序、掃描圖測序和重測序三個層面。DNA二代測序進(jìn)化分析上哪找
病毒全基因組測序,基因測序技術(shù)能鎖定個人病變基因,提前預(yù)防和調(diào)整。自上世紀(jì)90年代初,學(xué)界開始涉足“人類基因組計劃”。而傳統(tǒng)的測序方式是利用光學(xué)測序技術(shù)。用不同顏色的熒光標(biāo)記四種不同的堿基,然后用激光光源去捕捉熒光信號從而獲得待測基因的序列信息。雖然這種方法檢測可靠,但是價格不菲也是有目共睹的,一臺儀器的價格大約在50萬到75萬美元,而檢測一次的費(fèi)用也高達(dá)5千到1萬美元。新的基因測序儀中,芯片代替了傳統(tǒng)激光鏡頭、熒光染色劑等,芯片就是測序儀。DNA二代測序突變分析方法當(dāng)物種有了參考的序列之后,可以通過特異性擴(kuò)增+sanger測序獲得全基因組序列。
二代測序應(yīng)用的患者類型及時機(jī)的推薦:共識明確指出了二代測序應(yīng)用的患者類型及使用的時機(jī)的意見:對于神經(jīng)系統(tǒng)急性傳染/血流傳染/呼吸道傳染患者,3天是二代測序使用的時機(jī),在傳統(tǒng)方法(常規(guī)的生化檢查和培養(yǎng))3天未報陽性且經(jīng)驗(yàn)性調(diào)整無效時,強(qiáng)烈推薦二代測序檢測;對疑似病毒傳染患者,包括:疑似神經(jīng)系統(tǒng)病毒傳染和病毒性肺炎且病情持續(xù)進(jìn)展的患者,若完善傳統(tǒng)PCR檢測后依然未獲得明確的病原學(xué)證據(jù)時,強(qiáng)烈推薦二代測序檢測。對于疑似局灶性傳染患者完成常規(guī)的生物化學(xué)、培養(yǎng)或PCR檢測后,若未能獲取病原學(xué)診斷結(jié)果,推薦將二代測序作為檢測方法。而對于懷疑繼發(fā)性血流傳染患者:在原發(fā)傳染灶的病原學(xué)檢測為陰性或因各種因素?zé)o法送檢合適標(biāo)本的情況下,可考慮將血標(biāo)本的二代測序檢測作為二線檢測。
為了便于新發(fā)或罕見病毒性傳染病的篩查檢測,利用多重置換擴(kuò)增技術(shù),以負(fù)鏈RNA病毒—發(fā)熱伴血小板減少綜合征病毒和正鏈RNA病毒—登革病毒為模擬樣本探索臨床樣本中RNA病毒基因組非特異性擴(kuò)增方法。研究中通過梯度稀釋的RNA病毒模擬樣本中可能存在的不同豐度的病原體,樣本核酸依次加工成單鏈cDNA,雙鏈cDNA,T4DNA連接酶處理后的雙鏈cDNA以及添加外源輔助RNA后合成并連接的雙鏈cDNA形式,然后進(jìn)行Phi29DNA聚合酶等溫擴(kuò)增,使用熒光定量PCR方法比較各種方法對RNA病毒核酸擴(kuò)增的影響。病毒全基因組測序,是指基于第二代高通量測序技術(shù)。
目前對我國首例輸入性裂谷熱病例病毒進(jìn)行全基因組測定,分析其進(jìn)化來源及潛在變異.方法 提取樣本核酸,非特異性反轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增病毒基因組RNA,使用Ion Torrent二代測序儀進(jìn)行病毒全基因組測定.對獲得的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行序列拼接、比對、進(jìn)化樹構(gòu)建和關(guān)鍵位點(diǎn)分析.結(jié)果通過測定獲得了病毒全基因組11 979nt,該測定病毒屬E基因分支,序列與先前南非分離株Kakamas相似度較高(>98%).病毒Gn蛋白C端信號肽區(qū)存在1個氨基酸突變.結(jié)論本研究分析測定的裂谷熱病毒全基因組與目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出現(xiàn)明顯變異。從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。DNA二代測序突變分析方法
使用Ion Torrent二代測序儀進(jìn)行病毒全基因組測定。DNA二代測序進(jìn)化分析上哪找
DNA病毒基因組測序:動物、人、植物被特定病毒株侵染、分離到病毒株、連續(xù)傳代的病毒株往往都需要獲得盡量完整的基因組序列來指導(dǎo)下一步的研究,傳統(tǒng)的sanger測序需要了解序列、設(shè)計引物、做很多PCR,往往效率很低,而NGS作為一種無需特異性引物擴(kuò)增的測序方式,可以直接從DNA中獲得序列。DNA病毒基因組測序:如果,1,您的目的是:獲得一種指定DNA病毒盡量完整的序列;2,您可以提供該病毒的中英文名稱;3,您了解樣本中病毒的載量情況、培養(yǎng)狀況、ct值等任一信息。那么,探普為你準(zhǔn)備了完整的下單、樣本準(zhǔn)備方法,經(jīng)過探普的實(shí)驗(yàn)、測序、分析,你將獲得:1,1-5Gb測序數(shù)據(jù)量rawdata;2,一般可獲得95%以上的拼接序列,100kb以上大基因組病毒除外;其他特殊要求如:突變分析、進(jìn)化分析都可直接與技術(shù)支持聯(lián)系。DNA二代測序進(jìn)化分析上哪找
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文章來源地址: http://www.cdcfah.com/cp/2835268.html
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