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產(chǎn)品關(guān)鍵詞:河北口腔微生物多樣性分析技術(shù),病毒宏基因組測序
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上海探普生物科技有限公司對樣本進行宏病毒組測序?qū)嶒炇侨绾芜M行的?探普生物對樣本進行宏病毒組測序?qū)嶒灮诙鷾y序技術(shù)。經(jīng)過核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學分析這3大基本流程后,樣本轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。首先,在核酸純化環(huán)節(jié),探普提供專門針對病毒的核酸純化樣本指南,以提高純度和得率,與此同時探普生物也提供核酸純化服務。第二,文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)。樣本的核酸具備濃度低,總量少的特點。探普生物專門針對這一點開發(fā)了超微量核酸文庫構(gòu)建,可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測序文庫。第三,生物信息學分析環(huán)節(jié)。寄生性質(zhì)的生物下機數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點,優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫,河北口腔微生物多樣性分析技術(shù),搭載了**的生物信息學分析流程,河北口腔微生物多樣性分析技術(shù),河北口腔微生物多樣性分析技術(shù),可處理復雜背景下的目標物種序列。目前,構(gòu)建的病毒宏基因組學文庫主要有載體克隆文庫和基于高通量測序技術(shù)的加接頭的文庫。河北口腔微生物多樣性分析技術(shù)
優(yōu)化臨床制備病毒宏基因組測序樣本的方法:①介紹高通量病毒宏基因組測序的樣本制備步驟,對臨床樣本的總核酸進行隨機擴增;②檢測了從血漿樣本中富集/擴增DNA及RNA病毒的不同方法,一種包括過濾、核酸酶消化、在不同反應中隨機擴增DNA及RNA的步驟是較好的;③隨后在包含了不同病毒科的樣本中驗證此方法,可高讀數(shù)地檢測到大多數(shù)病毒序列,且優(yōu)于現(xiàn)行的其它樣本制備方法;④該方法不僅適用于血漿樣本,還可用于尿液、咽喉拭子等臨床樣本。河北口腔微生物多樣性分析技術(shù)病毒宏基因組測序在核酸純化環(huán)節(jié),探普提供專門針對病毒的核酸純化樣本指南,以提高純度和得率。
病毒宏基因組學的研究過程主要包括以下3個步驟:樣品的處理、病毒宏基因組學文庫構(gòu)建和數(shù)據(jù)分析與處理。樣品的制備較關(guān)鍵的是樣品的處理、遺傳物質(zhì)的分離和富集。樣品的制備關(guān)鍵應做到提取能夠表示該環(huán)境的高純度樣本,并除去非病毒核酸細胞和遺傳物質(zhì)的干擾。富集微生物及去除非目的性的細胞和遺傳物質(zhì)是分離高質(zhì)量的遺傳物質(zhì)的前提,提取高純度的表示特定環(huán)境中的遺傳物質(zhì)是宏基因組學研究過程中的難題。正切流過濾系統(tǒng)、差異過濾、梯度離心、空心纖維過濾、DNA酶和RNA酶處理、序列非依賴的單引物擴增(Sequence-independentsingleprimeramplification,SISPA)等技術(shù)可用于樣品的制備,而SYBR金染色法可用于實時監(jiān)測處理樣品中病毒顆粒的數(shù)量。
宏病毒組其實就是病毒的宏基因組(meta-genomics),該技術(shù)是隨著高通量測序技術(shù)的興起而發(fā)展起來的。該技術(shù)主要是使用大量微生物群體樣本的測序數(shù)據(jù)和生物信息學分析手段,以多種數(shù)據(jù)庫為基礎,進行群體的種類和功能分析。因此,它主要的應用場景在于微生物群體研究,如腸道微生物、皮膚微生物、口腔微生物、水體微生物、土壤微生物等。一直以來宏基因組技術(shù)都是在細菌領域使用,病毒的樣本收集困難、文庫構(gòu)建繁瑣、數(shù)據(jù)庫不完善,因此宏基因組技術(shù)未能獲得普遍應用。上海探普生物科技有限公司立志專門解決病毒方向的基因組研究難題,開發(fā)了整套的樣本處理和生信分析流程,基于這套流程,研究者們想對樣本進行宏病毒組測序就很容易實現(xiàn)了。病原微生物二代測序,也稱宏基因組測序(mNGS)是目前臨床上針對病原較常用的基因測序方法。
在探普生物進行病毒宏基因組測序,樣品具備什么條件才可以獲得比較質(zhì)量的宏基因組分析效果?其他公司對用于測序的樣本的要求較高。而在探普生物進行病毒宏基因組測序,基于探普的專有流程,樣本要求非常低,不要求總量到達微克,探普有專門的收樣標準和送樣流程。為了保證后續(xù)數(shù)據(jù)的有效利用率,需要客戶配合完成合格的取樣步驟和樣本前處理步驟。當然探普也提供適當?shù)臉颖咎幚矸?。核酸性質(zhì)有RNA和DNA之分,核酸鏈還有單雙鏈之分,而核酸本質(zhì)不同和單雙鏈的不同,進行同樣的實驗步驟其效率也不一樣。這些特點決定了宏基因組測序是相對個性化定制化的一類服務,出于對結(jié)果真實性的尊重和保證,需要客戶和銷售人員充分溝通,設定合理的樣本處理方案。宏病毒組其實就是病毒的宏基因組。河北腸道微生物多樣性分析技術(shù)
病毒宏基因組學的研究過程主要包括以下3個步驟:樣品的處理、病毒宏基因組學文庫構(gòu)建和數(shù)據(jù)分析與處理。河北口腔微生物多樣性分析技術(shù)
宏基因組測序的挑戰(zhàn):背景干擾:病原樣本深藏在大量宿主和其它微生物之內(nèi),臨床病原常為起始量低,背景噪音大的復雜樣本,大量宿主信號掩蓋了微量病原信號,致使敏感性偏低,難以有效區(qū)分。另外,因為RNA病毒需先轉(zhuǎn)化為互補DNA(cDNA)再進行測序,因此病原宏基因組測序技術(shù)對RNA病原體檢出率比DNA病毒更低??梢钥紤]對核酸樣本進行特殊的處理,對病毒序列進行特異性富集,再進行建庫測序。質(zhì)量控制:病原宏基因組測序技術(shù)涉及一系列繁瑣的實驗操作過程,例如文庫構(gòu)建涉及到基因組打斷,測序接頭鏈接,全基因組擴增等多個步驟,每一步驟的目標是要每個分子都以相同的效率執(zhí)行每個步驟,打斷有損失,連接有差別,擴增有偏好,都會帶來檢測誤差。河北口腔微生物多樣性分析技術(shù)
上海探普生物科技有限公司主要經(jīng)營范圍是醫(yī)藥健康,擁有一支專業(yè)技術(shù)團隊和良好的市場口碑。公司業(yè)務分為病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定等,目前不斷進行創(chuàng)新和服務改進,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務。公司將不斷增強企業(yè)重點競爭力,努力學習行業(yè)知識,遵守行業(yè)規(guī)范,植根于醫(yī)藥健康行業(yè)的發(fā)展。上海探普生物憑借創(chuàng)新的產(chǎn)品、專業(yè)的服務、眾多的成功案例積累起來的聲譽和口碑,讓企業(yè)發(fā)展再上新高。
文章來源地址: http://www.cdcfah.com/cp/3016153.html
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