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詳細說明
病毒宏基因組學(xué)(Viralmetagenomics)是宏基因組學(xué)的一個分支,指研究特定環(huán)境中的病毒群落的一門技術(shù)。近年來隨著新測序技術(shù)的不斷發(fā)展,尤其是第二代、第三代測序儀的出現(xiàn),使病毒宏基因組學(xué)發(fā)展尤為迅速。對海洋中病毒群體進行了研究,闡明海水中病毒群體以噬菌體為主,并且是應(yīng)用宏基因組學(xué)分析人糞便中不能培養(yǎng)的病毒群落,標志病毒宏基因組學(xué)的開端。病毒宏基因組學(xué)這一概念,其描述的是環(huán)境中的病毒群落―噬菌體,腸道微生物多樣性分析價格,腸道微生物多樣性分析價格。再次提到病毒宏基因組學(xué)這一概念,并對宏基因組學(xué)挖掘新病毒的方法進行了闡述,側(cè)重于人和動物機體中的真核病毒群落,腸道微生物多樣性分析價格。病毒宏基因組學(xué)已經(jīng)應(yīng)用到人類、動物和環(huán)境中,涉及到農(nóng)業(yè)、工業(yè)及畜牧業(yè)等各個領(lǐng)域。腸道微生物多樣性分析價格
在運用宏基因組測序方法檢測的樣本量位居全球前列,樣本總數(shù)居國內(nèi)第二,其中腦脊液檢測量位列全球前二強。除了傳染病的應(yīng)用場景之外,利用mNGS還可以對菌群進行菌株鑒定分型、耐藥基因與毒力基因的檢測,適用于抗傳染院內(nèi)傳染管理的評估。在越來越多的證據(jù)表明微生物對人體免疫系統(tǒng)能夠產(chǎn)生影響,以及微生物菌群會參與到神經(jīng)退行性疾病、糖尿病等疾病的發(fā)生和發(fā)展當中,微生物療法獲得了越來越多的關(guān)注,而mNGS未來也可以為人們深入分析人體菌群微生態(tài)、研究微生物療法提供一種可靠的技術(shù)手段。病原微生物多樣性分析檢測宏基因組應(yīng)用:特定生物種基因組研究使人們的認識單元實現(xiàn)了從單一基因到聚合基因的轉(zhuǎn)變。
宏病毒組其實就是病毒的宏基因組(meta-genomics),該技術(shù)是隨著高通量測序技術(shù)的興起而發(fā)展起來的。該技術(shù)主要是使用大量微生物群體樣本的測序數(shù)據(jù)和生物信息學(xué)分析手段,以多種數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ),進行群體的種類和功能分析。因此,它主要的應(yīng)用場景在于微生物群體研究,如腸道微生物、皮膚微生物、口腔微生物、水體微生物、土壤微生物等。一直以來宏基因組技術(shù)都是在細菌領(lǐng)域使用,病毒的樣本收集困難、文庫構(gòu)建繁瑣、數(shù)據(jù)庫不完善,因此宏基因組技術(shù)未能獲得普遍應(yīng)用。上海探普生物科技有限公司立志專門解決病毒方向的基因組研究難題,開發(fā)了整套的樣本處理和生信分析流程,基于這套流程,研究者們想對樣本進行宏病毒組測序就很容易實現(xiàn)了。
病毒宏基因組學(xué)文庫中包含兆級的短序列片段(Reads)。通過不同的序列拼接軟件將Reads拼接較長的DNA序列片斷(Contigs)。數(shù)據(jù)組裝可通過K-mer分析評估各個樣品的測序深度,通過對SOAPdenovo設(shè)置不同K值,篩選較好組裝結(jié)果,對較好組裝結(jié)果進行校正,并統(tǒng)計Reads利用率。接著利用已測序生物體的DNA序列構(gòu)建數(shù)據(jù)庫,將拼接后的Contigs通過不同的鑒定方案,與數(shù)據(jù)庫里的DNA序列信息進行比對,確定該序列來自的生物群落,篩選有用的基因信息。此外,還可以用一些工具對序列進行基因預(yù)測(如Metagene、GeneMark、FragGeneScan等)。對樣本進行宏病毒組測序于科研,好的群體和樣本可以發(fā)表質(zhì)量的學(xué)術(shù)論文。
優(yōu)化臨床制備病毒宏基因組測序樣本的方法:①介紹高通量病毒宏基因組測序的樣本制備步驟,對臨床樣本的總核酸進行隨機擴增;②檢測了從血漿樣本中富集/擴增DNA及RNA病毒的不同方法,一種包括過濾、核酸酶消化、在不同反應(yīng)中隨機擴增DNA及RNA的步驟是較好的;③隨后在包含了不同病毒科的樣本中驗證此方法,可高讀數(shù)地檢測到大多數(shù)病毒序列,且優(yōu)于現(xiàn)行的其它樣本制備方法;④該方法不僅適用于血漿樣本,還可用于尿液、咽喉拭子等臨床樣本。獨有的實驗和分析流程可兼容高復(fù)雜度低濃度的病毒核酸。病原微生物多樣性分析檢測
宏病毒組其實就是病毒的宏基因組。腸道微生物多樣性分析價格
介紹宏病毒組分析的常用軟件之前,首先我們來看一下宏病毒組的基本分析流程。這里需要說明的是基于病毒顆粒分離技術(shù)及NGS測序平臺的宏病毒組學(xué)研究還處于起步階段,分析功能模塊新的思路和技術(shù)層出不窮,但另一個層面,宏病毒組是宏基因組的一個分支,基本大的分析思路方面與宏基因組還是有著不小的相似之處。歸納一下,宏病毒組主要包括一下幾個方面的分析內(nèi)容:病毒群落結(jié)構(gòu)組成分析;病毒群落功能分析;病毒(特別是噬菌體)宿主預(yù)測;病毒與群落中細菌、古菌等其他微生物之間的互作網(wǎng)絡(luò);基于非數(shù)據(jù)庫比對的新病毒序列的挖掘。腸道微生物多樣性分析價格
上海探普生物科技有限公司是一家 從事生物科技專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)技術(shù)開發(fā)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),化工原料及產(chǎn)品(除危險化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、煙花爆竹、民用物品、易制毒化學(xué)品),實驗室設(shè)備,計算機、軟件及輔助設(shè)備,電子產(chǎn)品銷售,計算機軟件開發(fā)及維護,計算機信息系統(tǒng)集成服務(wù)等。的公司,是一家集研發(fā)、設(shè)計、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。上海探普生物擁有一支經(jīng)驗豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團隊,以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定。上海探普生物始終以本分踏實的精神和必勝的信念,影響并帶動團隊取得成功。上海探普生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求,提高產(chǎn)品價值,是我們前行的力量。
文章來源地址: http://www.cdcfah.com/cp/3088109.html
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